Nieleczone zapalenie prostaty może prowadzić do całego spektrum powikłań, które wykraczają daleko poza sam układ moczowo-płciowy. Najczęstszym następstwem postaci ostrej jest ropień prostaty — odgraniczone zbiorowisko ropy wymagające często interwencji zabiegowej.
Postać przewlekła z czasem prowadzi do włóknienia tkanki, nasilenia dolegliwości bólowych miednicy oraz zaburzeń mikcji o charakterze przeszkodowym. U części mężczyzn rozwijają się wtórne zaburzenia erekcji, spadek libido i obniżona płodność związana z pogorszeniem parametrów nasienia.
Konsekwencje psychologiczne — przewlekłe zmęczenie, lęk, obniżony nastrój — bywają porównywalne z tymi obserwowanymi w chorobach kardiologicznych. Wczesne reagowanie pozostaje najskuteczniejszą formą profilaktyki powikłań.